Prva razvojna faza fakulteta obuhvaća period od osnivanja Stomatološkog odsjeka Medicinskog fakulteta 1960.-1970. godine kada je položen kamen temeljac za novu zgradu Stomatološkog fakulteta (22.12.1970. god.). U ovoj fazi značajno je naglasiti da Stomatološki odsjek Medicinskog fakulteta odlukom Nastavno-naučnog vijeća Medicinskog fakulteta u Sarajevu počinje sa radom 1960. godine i na ovoj sjednici formirana je Komisija matičar za osnivanje stomatološkog odsjeka.
Ministarstvo za zdravlje i socijalnu politiku NR BiH obrazovalo je komisiju sa zadatkom da riješi pitanje smještaja stomatološkog odsjeka Medicinskog fakulteta. U komisiji su bili:

– Prof. dr Milan Bevandić
– Dr. Dževdet Karaselimović
– Ing. Đorđe Sikimić
– Zijo Pašović, službenik.
– Muhamed Ajanovič, načelnik sreza Sarajevo,odjeljenje za zdravlje i socijalnu politiku

Desetog februara 1962. godine, na prijedlog ove komisije Stomatološka klinika Medicinskog fakulteta locira se u zgradi tadašnje škole za zubare u ulici Fra Grge Martića 2. Pored ovog prostora korišćeni su kapaciteti u zgradi škole za zubne tehničare u Čekaluši, te prostor u današnjoj ulici Ferhadijai Jelićevoj.
Za prvog prodekana za stomatološki smjer izabran je Prof. dr. Aleksandar Grčić a prvi izabrani nastavnici bili su Prof. dr. sci. Smiljko Slankamenac i Prof. dr. Aleksandar Grčić.
Ustvari, prvi počeci prostornog razvoja sarajevske visokoškolske stomatologije bila je “Mala zgrada” bolnice Koševo sa tri radna mjesta (1961. godine). Slijedeća je bila zgrada škole za zubare kod Katedrale, sa 45 radnih mjesta. Ovaj period je trajao sve do 1973. godine, do useljenja u novoizgrađenu namjensku zgradu Stomatološkog fakulteta u današnjoj Bolničkoj ulici.
Prelaskom u preuređeni prostor stomatološke klinike u ulicu Fra Grge Martića, zvanično otpočinje rad na stomatološkim katedrama (Bolesti zuba, Protetika, Ortodoncija, Dječija stomatologija, Morfologija zuba a Maksilofacijalna i Oralna hirurgija su ostali u prostorijama zubne ambulante bolnice Koševo.
18. novembar 1963. godine je značajan, jer je Narodni Odbor opštine Centar Sarajevo, svojim rješenjem broj: 02/6-5285/1 upisao Stomatološku kliniku u registar ustanova sa samostalnim poslovanjem.
Vrlo brzo se pokazala potreba za prostornim kapacitetima i tokom 1964. godine pokrenuto je pitanje proširenja Klinike na prostor štedionice Privredne banke Sarajevo. U ovim prostorima adaptirana je vježbaonica Predkliničke protetike i Morfologije zuba. U ovom periodu do 1970. godine začela se i realizirala ideja o izgradnji nove zgrade Stomatološkog fakulteta na današnjoj lokaciji.

Druga razvojna faza fakulteta upravo počinje 1970. godine postavljanjem kamena temeljca 22. decembra od strane Hamdije Pozderca, Predsjednika Skupštine Socijalističke Republike Bosne i Hercegovine.
Useljenje u novu zgradu izvršeno je svečanim otvaranjem 24.11.1972. godine a rad Fakulteta u zgradi počeo je 6.3.1973. godine. Ovaj period je karakteriziran reorganizacijom bolnice Koševo, Medicinskog fakulteta, zdravstvene službe grada Sarajeva, u udruživanje u Univerzitetsko-medicinski centar (UMC) i 23.05.1974. godine potpisivanjem Samoupravnog sporazuma o osnovanju UMC-a odlučeno je da dva odsjeka Medicinskog fakulteta (Stomatološki i farmaceutski) prerastu u samostalne fakultete.
Dvadesetpetog jula 1975. godine Skupština SR BiH potvrđuje status Stomatološkog fakulteta i oktobra 28. 1975. godine. Okružni sud u Sarajevu svojim rješenjem broj: U/1-l340/75 vrši registraciju Fakulteta od kada i zvanično posluje kao visokoškolska ustanova. Time se 1975. godina smatra kao završetak druge razvojne faze Fakulteta.

Razvoj fakulteta od 1975.-1992. godine svrstali smo u treću najznačajniju fazu razvoja. To je period, slobodno se može reći, najvećeg uspona Fakulteta, kada Fakultet dobiva novu zgradu površine cca 11.523 m2 sa 120 radnih mjesta, amfiteatrom, laboratorijama, učionicama, seminarima, bibliotekom, tri operacione sale, 60 bolesničkih postelja, studentskim klubom, restoranom, dekanatom i drugim sadržajima koji su ga svrstali u red najrespektibilnijih na Balkanu. Ovo je period kada je Fakultet bio opremljen najsavremenijom opremom, kada je imao uspostavljenu stručnu i naučnu saradnju sa srodnim fakultetima širom Evrope, Kanade i Amerike. Ovaj se period Fakulteta karakteriše i vrlo jakim u naučnom i stručnom smislu, nastavničkim, saradničkim kadrom te zdravstvenim kadrom visokog i srednjeg obrazovanja. To je period kada je na našoj visokoškolskoj instituciji u stalnom radnom odnosu bilo više od 300 zaposlenika.
Treba reći daje i ovaj period bio opterećen neprimjerenom organizacijom obrazovnog i zdravstvenog dijela Fakulteta, kao posljedica organizacije UMC-a. Zaslugom tadašnjeg rukovodstva, a naročito rahmetli Prof dr. sci. Mustafe Beganoviča, tadašnjeg dekana, 1990. godine dolazi do spajanja Stomatološke klinike i Stomatološkog fakulteta u jedinstvenu instituciju, pod nazivom: “Javna ustanova Stomatološki fakultet sa klinikama” .

Krajem 1990. godine Stomatološki fakultet počinje realizaciju programa dogradnje sprata na objektu Fakulteta (potkrovna etaža). Razlozi za pomenute radove su bili:

– dotrajalost ravnog krova koji je prokišnjavao i svake godine pričinjavao velike materijalne štete na objektu i opremi.

– pomanjkanje prostora za edukaciju studenata, naročito na predkliničkim predmetima.

Tokom 1991. godine realizovana je prva faza-izgradnja armirano-betonske konstrukcije i postavljanje novog krova. Agresija na BiH i ratna djejstva u Sarajevu dovela su do prekida radova, tako da druga faza -uređenje enterijera sa instalaterskim radovima nije nastavljena, a o trećoj fazi, opremanju sa namještajem i opremom, teško se može razmišljati bez značajnijih donatorskih sredstava.

Četvrta razvojna faza fakulteta obuhvata period od 1992.-1995. godine. Ovo je najteža faza u razvoju Fakulteta. Oni koji su bili u tom periodu na Fakultetu pamtiće najveća razaranja objekta i potpuno uništavanje i devastaciju skupocjene stomatološke opreme, u velikom broju osipanje nastavničkog, saradničkog i zdravstvenog kadra -kadrovsko pustošenje, enorman pad broja studenata na svim nastavnim godinama, mali broj upisanih sa drugih prostora Bosne i Hercegovine kao posljedica troipogodišnje blokade Sarajeva. Ovo je period kada je mali broj nastavnika, saradnika i zdravstvenog kadra ostao na Fakultetu, rekao bih, najodvažnijih i najkvalitetnijih, koji su zahvaljujući svom entuzijazmu, patriotizmu, profesionalnosti i moralu univerzitetskog nastavnika, kao i studenti, očuvali kontinuitet nastave. Nastava na Stomatološkom fakultetu u vrijeme najžešće blokade i bez vode, struje, gasa, nije prekidala svoj kontinuitet zahvaljujući požrtvovanosti onih koji su ostali na Fakultetu, sačuvan je kritični dio opreme i prostora tako da je upravo to bila dobra osnova za početak revitalizacije Fakulteta u svim njegovim segmentima.
Smatram daje na ovom mjestu potrebno kazati daje na objektu Fakulteta prema prednjim i predračunu iz 1994. godine, učinjena ratna šteta koja se procjenjuje na 2,059.063,90 DEM. Za dovršenje započete potkrovne etaže koja je prekinuta radi ratnih razaranja prema istom predračunu potrebno je 1 ,828.404,00 DEM. Dovršenje započetih radova na renoviranju objekta u okviru redovnog održavanja 1 ,246.345,00 DEM.
Ukupna ratna šteta na objektu iznosi dakle 5,133.812.345,00 DEM.
Od 120 instaliranih stomatoloških aparata u toku rata potpuno je uništeno 23 , a 67 je značajno oštećeno, tako da je u zadovoljavajućoj funkciji ostalo svega 30 aparata. Značajno je uništena laboratorijska oprema, naročito na predkliničkim predmetima.

Peta razvojna faza Fakulteta u periodu 1995.-2000. godina mogla bi se označiti kao period sagledavanja ukupne štete na objektu Fakulteta te stomatološkoj opremi, naročito u onom dijelu koji je značajan u edukaciji studenata. Ovo je period izrade projektne dokumentacije za nabavku nove opreme. Također, ovo je period kada je rukovodstvo Fakulteta počelo uspostavljati novu i obnavljati stani stručnu i naučnu saradnju sa Univerzitetima u Evropi. Kanadi i Americi. Značajno je naglasiti da se 1996. godine donosi novi Plan i program studija na Fakultetu. Bosansko-hercegovački stomatolozi pamtiće 25. april 1997. godine kada su osnovali Udruženje stomatologa BiH, a već 1998. godine u Barceloni na svjetskom kongresu stomatologa postajemo i redovni članovi Svjetske stomatološke federacije (FDI). Pokrećemo stručni časopis “Bilten stomatologa BiH” koji je već doživio i svoje deseto izdanje. 1999. godine učlanjujemo se u Evropsku regionalnu asocijaciju stomatologa (ERO), a 2001. u Savez stomatologa Balkanskih zemalja, te je osnovana Stomatološka komora Federacije Bosne i Hercegovine.

Šesta razvojna faza koja počinje polovinom 2000. godine predstavlja početak intenzivnije realizacije rekonstrukcije objekta Fakulteta. U akademskoj 2000./2001. godini izvršili smo potpuno renoviranje amfiteatra sa instaliranim multimedija sistemom za savremeni način izvođenja predavanja za studente, renoviranje prostora za predkliničku i fiksnu protetiku te ortodonciju, pedodonciju, uređenje suterenskog prostora fakulteta sa restoranom za studente, nastavnike, te sadržajima za studentske aktivnosti. Do kraja tekuće 2001. godine uradićemo rekonstrukciju potpuno nove studentske učionice i garderobe, studentske službe. Renovirani su i pušteni u funkciju svi mokri čvorovi na Fakultetu. Zamijenjena je stomatološka oprema (30 aparata), potpuno rekonstruirana kompresorska stanica sa novim centralnim kompresorom.
Također, u ovoj godini smo uradili i usvojili Nastavni plan i program dodiplomske nastave po kojem ćemo upisati generaciju studenata 2001/2002. akademske godine, te Nastavni plan i program za postdiplomski studij.
Pravila Fakulteta su usaglašena sa Zakonom o visokom obrazovanju te Pravilima Univerziteta. Radimo na obnavljanju bibliotečkog fonda koji je drastično uništen u toku rata u BiH. Sprovodimo trajnu post-diplomsku edukaciju za diplomirane stomatologe iz svih stomatoloških disciplina.
Pored obilježavanja 40. godina rada i postojanja Fakulteta uspješno smo organizovali i I Kongres stomatologa Bosne i Hercegovine sa internacionalnim učešćem, na kojem je prijavljeno oko 120 referata i 15 pozvanih predavača iz Evrope i Kanade. Organizovani su i stomatološki dani 2000. godine.
Na Stomatološkom fakultetu Univerziteta u Sarajevu, za 40 godina, do 30. septembra 2001. godine, ukupno je upisano 6.500, a diplomiralo je 2.129 doktora stomatologije koji rade od polivalentnog stomatologa do univerzitetskog profesora.

Fakultet je u ovih proteklih 40 godina postojanja i rada, pa i u ratnom periodu, održao strog kriterij za izbor nastavnika i saradnika. Svi nastavnici Fakulteta imaju stepen doktora stomatoloških nauka.

Sedma razvojna faza od 2016. godine obilježena je potpunim spoljnim i unutrašnjim renoviranjem zgrade u skladu sa savremenim standardima stomatološke prakse i potrebama savremne edukacije u oblasti stomatologije svih strukovnih profila, kao i osiguranje uslova za naučno-istraživački rad. Rekonstrukciju zgrade prati nabavka savremene opreme, uspostavljanje centralne sterilizacije, dentalnog radiološkog kabineta, jedinica za rad pacijenta u opštoj anesteziji, svjesnoj sedaciji, implantologiji kao najkompleksnijoj terapiji i rehabilitaciji pacijenata, reforma obrazovnog sistema, izrada i uvođenje novih nastavnih planova i programa za sve cikluse studija, uvođenje studija na engleskom jeziku, uvođenje i realizacija necikličnog studija, strukovnog studija za dentalne higijeničare, te dualnog studija dentalna higijena, saradnja sa respektabilnim inostranim fakultetima i klinikama uz kontinuiranu edukaciju i usavršavanje nastavnog i zdravstvenog kadra sa ciljem implementacije savremenih trendova u stomatološkoj nauci, edukaciji i praksi.

Rješenjem broj 10-33-2575/20 od 30.03.2020. godine Ministarstvo zdravstva Kantona Sarajevo odobrava Stomatološkom fakultetu sa klinikama Sarajevo obavljanje stomatološke zdravstvene djelatnosti u okiviru stomatoloških klinika i stomatoloških laboratorija, obzirom da ispunjava propisane uvjete u pogledu prostora, opreme i kadra.

Od 2021. godine Stomatološki fakultet sa klinikama kao dio procesa integracije postaje organizaciona jedinica Univerziteta u Sarajevu, bez svojstva pravnog lica.

Rješenjem o izmjeni podataka Općinskog suda u Sarajevu broj: 065-0-Reg-22-003927 od 27.12.2022. godine promijenjen je dotadašnji naziv fakulteta iz „Univerzitet u Sarajevu – Stomatološki fakultet sa klinikama“ u novi naziv „Univerzitet u Sarajevu – Stomatološki fakultet sa stomatološkim kliničkim centrom“.