Za obavljanje registrovane djelatnosti Fakulteta obrazuju se podorganizacione jedinice.

Dekanat je podorganizaciona jedinica u kojoj se obavljaju stručno-operativni, studijsko-analitički, administrativni, tehnički i pomoćno-tehnički poslovi u skladu sa Zakonom i Statutom.

Katedre su podorganizacione jedinice s ciljem obavljanja nastavne i naučno-istraživačke djelatnosti na Fakultetu.

• Katedra za MORFOLOGIJU ZUBA SA DENTALNOM ANTROPOLOGIJOM
• Katedra za DENTALNU PATOLOGIJU I ENDODONCIJU
• Katedra za ORALNU MEDICINU I PARODONTOLOGIJU
• Katedra za ORALNU HIRURGIJU SA DENTALNOM IMPLANTOLOGIJOM
• Katedra za ORTODONCIJU
• Katedra za PREVENTIVNU STOMATOLOGIJU I PEDODONCIJU
• Katedra za STOMATOLOŠKU PROTETIKU SA DENTALNOM IMPLANTOLOGIJOM

Klinike su podorganizacione jedinice s ciljem obavljanja stomatološke zdravstvene zaštite i zdravstvene edukacije na Fakultetu:

• Klinika za stomatološku protetiku sa dentalnom implantologijom
• Klinika za dentalnu patologiju s endodoncijom
• Klinika za parodontologiju i oralnu medicinu
• Klinika za oralnu hirurgiju sa dentalnom implantologijom
• Klinika za ortodonciju
• Klinika za preventivnu stomatologiju i pedodonciju
• Klinika za dentalnu radiologiju
• RTG Kabinet

Biblioteka je podorganizaciona jedinica s ciljem obavljanja nabavke, obrade, distribucije i revizije knjižne građe, a služi akademskom osoblju i studentima Fakulteta radi ostvarivanja naučnih, obrazovnih i stručnih ciljeva i zadataka Fakulteta.